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基于β-连环蛋白基因的分子标记甄别海蜇和沙海蜇
杨傲傲1, 朱玲2, 周春娅3,1, 杨洪1
1.上海海洋大学水产与生命学院 上海;2.农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 山东省渔业资源与生态环境重点实验室 中国水产科学研究院黄海水产研究所;3.农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 山东省渔业资源与生态环境重点实验室 中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛
摘要:
提要 采用转录组454 GS FLX测序和PCR技术,以海蜇和沙蜇的基因组DNA为模板,分别克隆了包含EST-SSR和EST-SNP标记的 β-连环蛋白基因目的片段。生物信息学分析显示,海蜇和沙海蜇的β-连环蛋白基因目的片段长度分别为166/169 bp 和157/160 bp,均没有内含子。海蜇个体之间β-连环蛋白基因目的片段除了微卫星重复差异外,只有一个碱基的差异;沙海蜇个体之间除了微卫星重复差异外,其余完全一致。在海蜇和沙海蜇β-连环蛋白基因目的片段的相同位置均包含微卫星重复,但其重复单元截然不同:海蜇为:(TGC)4-6(TGT)1-2 (TGC)4-5,而海蜇为(TGT)5-6。同时两物种间还存在14个单核苷酸酸多态位点:(T/C)1, ( T/C)2, ( C/T)3, ( C/T)4,( C/T)5,( T/G)6,( G/C)7,( T/G)8,( A/G)9,( C/T)10,( G/A)11,( A/G)12,( C/T)13,( A/T)14。聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱也直接客观地反映了两个群体之间目的片段的长度和微卫星多态性差异。上述结果显示,本研究获得的包含了EST-SSR和EST-SNP标记的 β-连环蛋白基因目的片段,可以作为一种简单、有效的分子标记,快速、准确的识别不同发育阶段的海蜇和沙海蜇。
关键词:  海蜇,沙海蜇,β-连环蛋白,EST-微卫星,EST-单核苷酸多态位点
DOI:10.11693/hyhz20140500136
分类号:
基金项目:国家重点基础研究发展计划(973)项目资助,2011CB403605 号; 国家自然科学基金资助项目,No. 31372507号,40776090号; 科技基础性工作专项,2013FY110700号
Β-CATENIN GENE AS A MOLECULER MARKER TO IDENTIFY RHOPILEMA ESCULENTUM AND NEMOPILEMA NOMURAI
Yang Aoao1, Zhu Ling2, Zhou Chunya3, Yang Hong1
1.College of Fisheries and Life Science, Shanghai Ocean University;2.Key Laboratory of Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture, Shandong Provincial Key Laboratory of Fishery Resources and Eco-environment, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences;3.Key Laboratory of Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture
Abstract:
The target fragments of β-catenin gene including EST-SSR and EST-SNP markers were cloned with genomic DNA templates of Rhopilema esculentum and Nemopilema nomurai by 454 GS-FLX transcriptome sequencing and PCR techniques, respectively. Bioinformatics analysis showed that target fragments nucleotide sequences did not contain intron and the lengths of nucleotide sequences were 166/169bp and 157/160bp in R.esculentum and N. nomurai populations, respectively. There was only a base differences among individuals of R.esculentum, while there was no difference among individuals of N.nomurai, apart from SSR difference. In the same site, the target fragments of β-catenin gene shared a distinct repeat motif, (TGC)4-6(TGT)1-2(TGC)4-5 in R.esculentum and (TGT)5-6 in N. nomurai. In addition, 14 SNP loci from the target fragments of β-catenin gene were detected in two populations, including (T/C)1, (T/C)2, (C/T)3, (C/T)4, (C/T)5, (T/G)6, (G/C)7, (T/G)8, (A/G)9, (C/T)10, (G/A)11, (A/G)12, (C/T)13, (A/T)14. SSR profile from β-catienin also refected clearly the differences in the length and polymorphism of the target fragment of β-catenin among individuals of two populations. These results indicated that the target fragments of β-catenin gene including EST-SSR and EST-SNP markers, as a simple effective moleculer marker, can quickly identify R. esculentum and N. nomurai at different developmental stages,.
Key words:  Rhopilema  esculentum, Nemopilema  nomurai, β-catenin, microsatellite, Single  nucleotide polymorphism
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